Mănăstirea Frumoasa are ca principal hram „Sfinții Arhangheli Mihail și Gavriil”. Acesta a fost ales încă de la începuturile mănăstirii, la sfârșitul secolului al XVI-lea, când hatmanului Meletie Balica împreună cu soția sa Ana ridicau o biserică de piatră cu hramul „Sf. Mihail și Gavriil” pe locul unei foste bisericuțe de lemn. Biserica și-a păstrat această denumire peste veacuri, actualmente ea fiind înregistrată în Lista Monumentelor Istorice pentru județul Iași sub denumire de Biserica „Sf. Voievozi”.

Al doilea hram a fost adăugat în vremea Arhimandritului Ioasaf Voinescu, care a reconstruit Turnul Clopotniță al mănăstirii în perioada 1836-1839 și în pisania căruia este menționat pe lângă hramul Sfinților Arhangheli și un al doilea hram, în cinstea „Adormirii Maicii Domnului” („Uspenia”).

Micul paraclis amenajat în 1841 în Palatul de pe Ziduri poartă hramul „Sfânta Mare Muceniță Ecaterina”.